มหาวิทยาลัยศิลปากรได้ดำเนินการด้านการพัฒนาระบบประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัยมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2540 โดยได้ประกาศนโยบายด้านการประกัน คุณภาพการศึกษาและประกาศแนวทางปฏิบัติในเรื่องนี้ เมื่อปี พ.ศ. 2541 จากนั้นได้มีการดำเนินการอย่างต่อเนื่องทั้งในด้านการเผยแพร่และทำความเข้าใจ เรื่องการประกันคุณภาพกับประชาคม การฝึกอบรมและพัฒนา หลักเกณฑ์และวิธีการในการดำเนินงานประกันคุณภาพ  สำนักงานประกันคุณภาพการศึกษาเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่รับผิดชอบเป็นศูนย์กลางประสานงานและดำเนินงานหรือเป็นกลไกในการดำเนินงานประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัย สำนักงานประกันคุณภาพการศึกษา ได้รับความเห็นชอบในการจัดตั้งตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 2/2544 ลงวันที่ 7 มีนาคม 2544 ให้เป็นหน่วยงานภายในของมหาวิทยาลัย ปัจจุบันอยู่ในการบังคับบัญชาภายใต้รองอธิการบดีฝ่ายประกันคุณภาพการศึกษา